Modlitwa jest jak oddychanie w ich życiu oddanemu miłości Boga i ludzi - ich braci. Ciągłe wzrastanie w poznaniu i miłości Pana Jezusa jest istotą życia Małych Braci Jezusa. Trzeba sercem należeć całkowicie do Boga, aby żyć pośród świata pełnią Ewangelii. Dlatego najważniejszym miejscem w każdej wspólnocie Małych Braci Jezusa jest kaplica z Najświętszym Sakramentem, gdzie każdego wieczoru bracia przychodzą nie tylko na modlitwę liturgiczną, lecz również na godzinną ado rację w ciszy. Trwają na tej modlitwie w imieniu tych wszystkich ludzi, z którymi pracują, których znają nie tylko z twarzy i imienia ale z tego samego zmęczenia, z tych samych trosk, których doświadczają, uczestnicząc w ich życiu. Przedstawiają ich Bogu w modlitwie wstawienniczej i sami uczą się patrzeć na wszystko kontemplacyjnym spojrzeniem Jezusa, który każdego zna i kocha, rozumie i przebacza. Za przykładem Jezusa, który często oddalał się na miejsca samotne, aby modlić się do Ojca, bracia również dają się prowadzić temu wezwaniu odejścia na pustynię W pobliżu swych wspólnot, a jednocześnie z dala od ludzi, urządzają małe pustelnie, gdzie każdego miesiąca przebywają sam na sam z Tym, któremu oddali swoje życie. Bracia noszą zwyczajne stroje, typowe dla przeciętnych ludzi z ich kultury. Jednakże by zaznaczyć wyjątkowość czasu poświęconego na miłosne spotkanie z Bogiem twarzą w twarz zakładają białą tunikę, jako znak ich konsekracji Bogu.

Jeśli powiem: Niech mnie ciemności okryją i noc mnie otoczy jak światło:  sama ciemność nie będzie ciemna dla Ciebie, a noc jak dzień zajaśnieje: bo mrok jest dla Ciebie jak światło. Ps. 139